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Ribo-Seq技术服务——高分利器
人阅读 发布时间:2018-12-18 13:07
还在做简单的转录组测序吗?
还在烦恼转录信息不全面吗?
还在为没有高分文章烦恼吗?
有时候,并不是我们不努力,而是努力的方向不对!
开泰生物经半年,投入研发巨资,卧薪尝胆,呕心沥血,潜心研究……终于,抓住了2018年的尾巴,成功推出了一款高分神奇——Ribo-Seq(核糖体印迹测序技术)
对于还不太了解Ribo-Seq的小伙伴们,小编在这里给大家简单介绍一下吧~
Ribo-seq系由Weissman课题组于2009年首次发表的翻译组学研究技术。利用Ribo-seq,研究者能从基因组水平检测蛋白质的翻译状况,获得全面的、高质量的蛋白质翻译速度情况,了解蛋白质表达情况及其丰度;还能直接对翻译过程进行研究。
与常规的RNC-Seq相比,Ribo-seq是只仅仅研究被核糖体保护的正在进行翻译的mRNA片段,而RNC-Seq则是对与核糖体形成复合物的mRNA全长序列进行测序研究。因此,Ribo-seq能准确预测蛋白翻译的丰度,而RNC-Seq则不能。
总所周知,生物体中DNA转录翻译成蛋白质的过程是一个非常复杂的过程,常规的从DNA到RNA,我们可以用Chip-Seq和ATAC-Seq进行研究,而Ribo-Seq则是研究RNA到蛋白质的一个过程。
DNA RNA 蛋白质
ATAC-Seq Ribo-Seq
Chip-Seq
Ribo-seq主要针对的是被核糖体保护的那一段mRNA,长度在30nt左右,可以说Ribo-seq为我们提供了一把研究翻译调控的金钥匙。
那么,Ribo-seq具体具有哪些特点呢?
1、可精确定位正在翻译的基因
Ribo-seq可提供精确的位置信息。该技术可用在翻译调查方面,到目前为止可用来鉴定程序性框移(双解码)、终止密码子通读、核糖体暂停、在非AUG密码子和uORF翻译区的翻译起始。
2、可准确定量基因翻译水平
Ribo-seq可对不受干扰细胞的翻译过程的检测和定量提供一个较大的动态范围,这一方法的灵敏度取决于样本的测序深度,即使是一些罕见的翻译事件,也可以进行相对定量。
3、瞬时测量翻译效率
当蛋白质发生表达时,Ribo-seq可以灵敏地检测到。Ribo-seq和mRNA-Seq的定量反应了转录本的丰度与瞬时蛋白合成的速率不成正相关。对转录本丰度和蛋白合成丰度的定量检测,可推断相对的翻译效率,随着mRNA实时发生变化,反应了在翻译水平上的一个动力学调控。
小编纵观了过去的2017和2018年高分文章,大部分研究技术是以Ribo-seq和mRNA的联合使用为主,研究方向也相对集中,大多是以基因功能、作用机制验证或探究为研究方向。
区别于往年的单纯使用mRNA测序发表的文章,这些文章具有更强的吸引眼球的能力,增加了Ribo-seq后
看到别人能发这么高分的文章,内心有只小鹿在狂跳啊有木有?
那么,Ribo-seq具体是怎么来应用到我们的实际研究的呢?
第一:Ribo-seq可以应用于翻译探究机制。
(1)关注正在翻译的基因中,哪些处于高效翻译,调控参与翻译效率的原件有哪些。
(2)解释双解码的发生机制,哪些基因可以发生双解码,具有哪些结构特征。
(3)探究非常规翻译的现象。
第二:Ribo-seq可以深化转录组分析。
(1)关注差异表达的基因中,究竟有哪些正在翻译,且翻译效率如何。
(2)缩小差异表达基因的范围,只关注正在翻译的基因。
(3)若差异表达基因太少,则可通过Ribo-seq发现更多差异表达的基因。
第三:Ribo-seq可以用于解释转录组与蛋白组结果不一致。
(1)当基因转录不翻译,或者翻译效率低时,可能会出现转录组显示有差异或差异显著,而蛋白组无差异或差异不显著。
(2)若只检测了蛋白组,仅能粗略定位到基因区域,但无法明确转录本,更无法明确转录本中的编码性ORF。
第四:Ribo-seq可以深化非编码RNA的测序分析。
(1)用于探究LncRNA中的TUCP是否具有编码功能。
(2)研究circRNA对应的线性RNA是否具备翻译功能,开环后是否在进行翻译。
还在烦恼转录信息不全面吗?
还在为没有高分文章烦恼吗?
有时候,并不是我们不努力,而是努力的方向不对!
开泰生物经半年,投入研发巨资,卧薪尝胆,呕心沥血,潜心研究……终于,抓住了2018年的尾巴,成功推出了一款高分神奇——Ribo-Seq(核糖体印迹测序技术)
对于还不太了解Ribo-Seq的小伙伴们,小编在这里给大家简单介绍一下吧~
Ribo-seq系由Weissman课题组于2009年首次发表的翻译组学研究技术。利用Ribo-seq,研究者能从基因组水平检测蛋白质的翻译状况,获得全面的、高质量的蛋白质翻译速度情况,了解蛋白质表达情况及其丰度;还能直接对翻译过程进行研究。
与常规的RNC-Seq相比,Ribo-seq是只仅仅研究被核糖体保护的正在进行翻译的mRNA片段,而RNC-Seq则是对与核糖体形成复合物的mRNA全长序列进行测序研究。因此,Ribo-seq能准确预测蛋白翻译的丰度,而RNC-Seq则不能。
总所周知,生物体中DNA转录翻译成蛋白质的过程是一个非常复杂的过程,常规的从DNA到RNA,我们可以用Chip-Seq和ATAC-Seq进行研究,而Ribo-Seq则是研究RNA到蛋白质的一个过程。
DNA RNA 蛋白质
ATAC-Seq Ribo-Seq
Chip-Seq
Ribo-seq主要针对的是被核糖体保护的那一段mRNA,长度在30nt左右,可以说Ribo-seq为我们提供了一把研究翻译调控的金钥匙。
那么,Ribo-seq具体具有哪些特点呢?
1、可精确定位正在翻译的基因
Ribo-seq可提供精确的位置信息。该技术可用在翻译调查方面,到目前为止可用来鉴定程序性框移(双解码)、终止密码子通读、核糖体暂停、在非AUG密码子和uORF翻译区的翻译起始。
2、可准确定量基因翻译水平
Ribo-seq可对不受干扰细胞的翻译过程的检测和定量提供一个较大的动态范围,这一方法的灵敏度取决于样本的测序深度,即使是一些罕见的翻译事件,也可以进行相对定量。
3、瞬时测量翻译效率
当蛋白质发生表达时,Ribo-seq可以灵敏地检测到。Ribo-seq和mRNA-Seq的定量反应了转录本的丰度与瞬时蛋白合成的速率不成正相关。对转录本丰度和蛋白合成丰度的定量检测,可推断相对的翻译效率,随着mRNA实时发生变化,反应了在翻译水平上的一个动力学调控。
小编纵观了过去的2017和2018年高分文章,大部分研究技术是以Ribo-seq和mRNA的联合使用为主,研究方向也相对集中,大多是以基因功能、作用机制验证或探究为研究方向。
期刊 | 影响因子 | 技术应用 | 研究内容 |
Nature | 38.14 | Ribo-seq+mRNA | 肿瘤激发机制 |
Nucleic Acids Res | 9.48 | Ribo-seq | 建库酶的优化 |
Blood | 11.84 | Ribo-seq+mRNA | 白血病发病机制的研究 |
Mol Cell | 13.96 | Ribo-seq+RIP | 基因的转录后调控机制 |
区别于往年的单纯使用mRNA测序发表的文章,这些文章具有更强的吸引眼球的能力,增加了Ribo-seq后
- 在mRNA测序方向上增加了亮点;
- 深化了转录组研究,在翻译层面研究更贴近生物表型;
- 比蛋白组更精细,可以准确定位到基因组位置;
- 能识别转录本来源,区分同源基因;
- 确定正在翻译的基因,并确定翻译起始效率;
- 通过翻译机制的研究,可以弥补基因差异表达过多或过少的问题。
看到别人能发这么高分的文章,内心有只小鹿在狂跳啊有木有?
那么,Ribo-seq具体是怎么来应用到我们的实际研究的呢?
第一:Ribo-seq可以应用于翻译探究机制。
(1)关注正在翻译的基因中,哪些处于高效翻译,调控参与翻译效率的原件有哪些。
(2)解释双解码的发生机制,哪些基因可以发生双解码,具有哪些结构特征。
(3)探究非常规翻译的现象。
第二:Ribo-seq可以深化转录组分析。
(1)关注差异表达的基因中,究竟有哪些正在翻译,且翻译效率如何。
(2)缩小差异表达基因的范围,只关注正在翻译的基因。
(3)若差异表达基因太少,则可通过Ribo-seq发现更多差异表达的基因。
第三:Ribo-seq可以用于解释转录组与蛋白组结果不一致。
(1)当基因转录不翻译,或者翻译效率低时,可能会出现转录组显示有差异或差异显著,而蛋白组无差异或差异不显著。
(2)若只检测了蛋白组,仅能粗略定位到基因区域,但无法明确转录本,更无法明确转录本中的编码性ORF。
第四:Ribo-seq可以深化非编码RNA的测序分析。
(1)用于探究LncRNA中的TUCP是否具有编码功能。
(2)研究circRNA对应的线性RNA是否具备翻译功能,开环后是否在进行翻译。