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外泌体miRNA测序技术服务
人阅读 发布时间:2019-01-16 15:33
外泌体miRNA测序技术服务
开泰亮点:
1.专业的外泌体提取方案:采用专业提取试剂盒,经TEM鉴定,确保外泌体的真实性;
2.分子标签:采用UMI建库方式,可以明显降低miRNA的偏好性,真实反映miRNA表达差异,提高候选研究miRNA数量;
3.数据有效性高:最大程度保证了数据来源于所需的外泌体,去除了其他组分中基因数据的干扰。
项目简介
miRNA是一类17-24 nt的非编码RNA,能介导基因的转录后沉默,与细胞增殖分化、迁移、疾病发生和疾病进展都有关系。2014年,Goldie等人发现miRNA在外泌体中所占的比例高于外泌体来源细胞,表明miRNA特异地富集于外泌体中。自此,外泌体miRNA的作用受到越来越多的关注:循环的囊泡(如外泌体)被认为是与通过细胞接触或可溶分子转运的信号传导一样重要的第三种细胞间通讯途径。
源自美国SBI公司的专业外泌体提取试剂盒:
与超速离心法和柱法相比,采用试剂盒提取的外泌体中,极大地减少了血清白蛋白和免疫球蛋白IgG的残留,提取的外泌体采用高倍透射电镜(TEM)检测,确保提取质量能满足后续实验需求。
该项目样本兼容:细胞培养基上清、血清血浆、尿液、唾液及其他体液的外泌体,为后续RNA功能研究奠定基础。
德国Qiagen试剂盒提取小RNA:
感谢各品牌单位提供产品支持
UMIs技术构建miRNA文库:开泰生物对外泌体miRNA测序服务也进行了革新,采用UMIs技术建库,外泌体miRNA试剂盒能够实现对外泌体miRNA等稀少样本的无偏向准确定量和文库构建。结合最新的高通量测序技术和生物信息分析方案,为您提供最为全面的外泌体miRNA测序服务!
项目流程
测序方案
测序平台:Illumina HiSeq X10/Hiseq 4000
测序数据:10M reads
适用物种:人、大小鼠
样本类型:血清/血浆、培养基上清、尿液、唾液等
外泌体TEM检测
浙江大学电镜中心拍摄
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双层囊膜结构是外泌体重要标志之一,但普通光学显微镜难以观察到此种亚显微结构。透射电子显微镜 (Transmission electron microscope, TEM) 分辨率可达0.1-0.2 nm,可将被观察物体放大至数百万倍,非常适合进行外泌体双层囊膜超微结构观测,是外泌体表征鉴定方法的“金标准”。 开泰生物技术团队拥有丰富的外泌体电镜样本处理与鉴定经验,可为客户提供高质量外泌体TEM检测服务,获得样本中外泌体典型形态特征图片。
外泌体miRNA高通量测序服务
专业的数据分析:
sRNA注释(分类统计、长度分析);
miRNA成熟体鉴定(miRNA数量与分布、已知miRNA物种分布、miRNA长度分布、碱基偏好性分析);
miRNA表达分布(各样本中miRNA的表达分布、表达相关性散点图、样本间相关性分析);
miRNA差异表达分析(筛选、数量统计、热图、表达分布火山图)
靶基因富集分析(GO富集分析、KEGG富集分析)
数据分析
外泌体小RNA中,miRNA含量均在70%以上。
用差异表达的miRNA 与样品进行的双向聚类,颜色的深浅代表miRNA 表达量的高低,红色代表表达量高,绿色代表表达量低。
样本两两间miRNA 的表达相关性。
本图为各组之间的log10(RPM+1) 值的比较,图上的点越集中,代表两组间的相关性越高,反之亦然。
KEGG 富集气泡图
横坐标为富集因子(富集到该通路的差异miRNA 靶基因数/该通路的背景基因数),纵坐标为对应的通路描述,气泡大小为差异基因数目,气泡颜色为富集显著性P值。
解释什么是UMI:
在miRNA提取之后,需要扩增得到的miRNA时,为了避免产生多余的Duplication,在扩增miRNA之前,每个cDNA分子在扩增前都会与unique标签(也称为Unique Molecular Identifiers,UMI)连接,这些标签来自大量不同的标签混池。测序完成后,通过计数与给定cDNA序列相连的unique标签的数目,就可以定量原始样本中cDNA分子的数量。
为实现尽可能多地的unique标记目标序列,引入样本的标签序列集必须满足:
I) 要远多于丰度最高的目标序列的拷贝数;
II) 要与目标序列随机结合。
如果满足这两个原则,那么用这种方法对目标分子进行数字化定量就仅受限于测序的深度和准确性。不同于常规转录组测序基于序列数量进行定量,这种数字化定量技术不再受到下游样品制备和测序中固有扩增噪音和偏好的影响